Pyhäjärven puolestapuhujat kokoontuivat 1990-luvun alussa ja perustivat Karjalan Pyhäjärvi ry:n, sillä järven tila oli heikentynyt. Yhdistyksen tavoitteeksi asetettiin järven alkuperäisen luonnontilan palauttaminen. Yhdistysrekisteriin Karjalan Pyhäjärvi ry merkittiin vuonna 1995.